Exploring the diversity and antimicrobial potential of predatory bacteria from Indonesian mangroves
Mangroves are highly complex coastal ecosystems, which harbor manifold microbial communities including diverse bacterial taxa. The interactions between predatory bacteria such as myxobacteria and mangroves are hitherto poorly understood. Using a polyphasic approach to characterize predatory bacteria from Indonesian mangroves based on culture-dependent and culture-independent approaches and subsequently evaluation of their potential for antimicrobial activity are the aims of our study. We obtained the data on identified cultivable predatory bacteria, 25 isolates of myxobacteria and two other isolates of gliding bacteria which belong to the order Cytophagales, using partial 16S rRNA gene sequences. These 25 myxobacteria isolates were affiliated to six genera: Myxococcus, Corallococcus, Archangium, Chondromyces, Racemicystis, and Nannocystis of the order Myxococcales. However, the culture-independent approach showed that myxobacteria communities are more diverse than assumed. The polyphasic approach led to the identification of a new strain, Ohtaekwangia 313MSO from Indonesian mangrove at Jakarta. The evaluation of six housekeeping genes for multilocus sequences analysis (MLSA) of Myxococcus spp. isolates revealed genetically distinct six Myxococcus strains. Thirteen crude extracts showed moderate activities against at least one human pathogenic microorganism and the crude extract of Racemicystis persica strain 503MSO indicated a novel compound, which has not been reported in the myxobase database yet. Therefore, identification of this compound is needed for further study.
Mangroven sind hochkomplexe küstennahe Ökosysteme, die vielfältige mikrobielle Gemeinschaften, einschließlich verschiedener bakterieller Gruppen, beherbergen. Die Wechselwirkungen zwischen räuberischen Bakterien wie Myxobakterien und Mangroven sind bisher kaum bekannt. Die Durchführung eines mehrphasigen Ansatzes zur Charakterisierung räuberischer Bakterien aus indonesischen Mangroven auf der Grundlage kulturabhängiger und kulturunabhängiger Ansätze und die anschließende Bewertung ihres Potenzials hinsichtlich der antimikrobiellen Aktivität sind die Ziele dieser Studie. Wir präsentieren Daten zu identifizierten kultivierbaren räuberischen Bakterien von 25 Isolaten der Myxobakterien und zwei weiteren Isolaten von gleitenden Bakterien, die zur Ordnung Cytophagales gehören, unter Verwendung partieller 16S-rRNA-Gensequenzen. Diese 25 Myxobakterien-Isolate wurden sechs Gattungen zugeordnet: Myxococcus, Corallococcus, Archangium, Chondromyces, Racemicystis und Nannocystis aus der Ordnung der Myxococcales. Ein kulturunabhängiger Ansatz zeigte jedoch, dass Myxobakteriengemeinschaften vielfältiger sind als angenommen. Der mehrphasige Ansatz führte zur Isolierung eines neuen Stammes, des Stammes Ohtaekwangia 313MSO, aus Jakarta, genauer aus den indonesischen Mangroven. Die Bewertung von sechs Housekeeping-Genen für die multilocus-Sequenzanalyse (MLSA) von Myxococcus spp. zeigten sechs genetisch unterschiedliche Myxococcus-Stämme. Dreizehn Rohextrakte zeigten mäßige Aktivitäten gegen mindestens einen der humanpathogenen Mikroorganismen, und der Rohextrakt aus Racemicystis persica Stamm 503MSO enthält eine neue Verbindung, über die in der Myxobase Datenbank noch nicht berichtet wurde. Daher sind zur Identifizierung dieser Verbindung weitere Untersuchungen erforderlich.
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