Neue taxonomische Aspekte in der myxobakteriellen Gattung Sorangium

Myxobakterien zählen, neben den Actinobakterien, zu den Hauptlieferanten biologisch aktiver Sekundärmetabolite. Insbesondere die Gattung Sorangium produziert eine Vielzahl an unterschiedlichen Naturstoffen, darunter das, in Form des Derivats Ixabepilon in der Medizin gegen Brustkrebs angewandte, Epothilon. Seit den 1970er Jahren hält sich die Hypothese, dass sich die einzige, validierte Spezies innerhalb dieser Gattung, Sorangium cellulosum, in mehrere, distinkte Spezies unterteilen lässt. Um eine solche Unterteilung zu untermauern, wurde in dieser Arbeit ein polyphasischer Ansatz angewendet. Für die taxomische Kategorisierung der Mitglieder der Gattung Sorangium, wurden phenotypische, genotypische und chemotypische Merkmale analysiert. Hierfür wurden 72, aus der Stammsammlung des Helmholtz Zentrums für Infektionsforschung randomisiert entnommene Stämme, sowie der validierte Typstamm der Art S. cellulosum, Soce 1871, verwendet. Nach der Erstellung von phylogenetischen Stammbäumen auf Basis des 16S rRNA-Gens, eines Zellulase-Gens sowie eines Chaperon-Gens, konnten die Stämme insgesamt 15 definierten Kladen zugeordnet werden. Die durchgeführte MALDI-TOF/MS Analyse mit dem daraus entstandenen Dendrogramm spiegelte nur bedingt die Kladenbildung der phylogenetischen Stammbäume wieder, wohingegen eine Untersuchung der Enzymaktivität die Abgrenzung der Kladen zueinander bestätigte. Eine Einteilung der Stämme aufgrund der morphologischen Eigenschaften wie Kolonie- und Fruchtkörperfärbung konnte ausgeschlossen werden. Es wurde für jede Klade ein Typstamm bestimmt, welcher möglichst viele Merkmale der Stämme innerhalb der jeweiligen Klade wiederspiegelte. Mit den ausgewählten, putativen Typstämmen wurde eine DNA-DNA-Hybridisierung gegen den Typstamm Soce 1871 durchgeführt. Für die weitere Charakterisierung der Stämme wurden ebenfalls die Fettsäure- und Phospholipidmuster analysiert. Zusätzlich wurde bestimmt, welche bekannten, biologisch aktiven Sekundärmetabolite diese Stämme produzieren. Das Set an den ausgewählten, unterschiedlichen Methoden bot ausreichende Belege, dass es sich bei den putativen Typstämmen um unterschiedliche Spezies handelt. Bei den grenzwertigen Ergebnissen bezogen auf die Stämme Soce 1014, Soce 1078, Soce 1128 und Soce 1335 müssen weitere Methoden, wie das automatische Ribotyping mittels Riboprinter, oder die, auf der Vollgenomsequenz basierende, Analyse der durchschnittlichen Nukleotidsequenz, die Artzugehörigkeit bestätigen.