Datenbanksysteme und bioinformatische Werkzeuge zur Optimierung biotechnologischer Prozesse mit Pilzen

Die Etablierung des filamentösen Pilzes Aspergillus niger als Wirtsorganismus für rekombinante Proteinproduktion ist ein Ziel, das innerhalb des Sonderforschungsbereiches 578 „Vom Gen zum Produkt“ verfolgt wird. Für die Verwaltung und Analyse experimenteller Daten wurde im Rahmen dieser Arbeit eine Computerschnittstelle geschaffen, mit der die verschiedenen experimentellen Ebenen integriert werden können. Um vergleichende Analysen zwischen verschiedenen Aspergillus-Spezies durchführen zu können, wurden zusätzlich publizierte Daten von anderen Aspergillus-Spezies integriert. Ein bioinformatisches Werkzeug, das sich mit einem konkreten Problem der rekombinanten Proteinproduktion beschäftigt, wurde mit dem Computerprogramm „JCat“ entwickelt. „JCat“ berechnet und passt gegebenenfalls die „Codon Usage“ eines Gens an die „Codon Usage“ des Wirtsorganismus an, mit dessen Hilfe das Zielprotein produziert werden soll.