Das Bakterioplankton im Westlichen Mittelmeer : Analyse der taxonomischen Struktur freilebender und partikelgebundener bakterieller Lebensgemeinschaften mit mikrobiologischen und molekularbiologischen Methoden

Partikelbgebundene und freilebende mikrobielle Lebensgemeinschaften sollten im Rahmen eines EU-Projektes zur Rolle von Partikeln in marinen Stoffflüssen hinsichtlich ihrer taxonomischen Struktur charakterisiert werden. Meerwasserproben wurden Anfang April 1995 von einer küstennahen meso - eutrophen und einer küstenfernen, oligotrophen Station nahe Nizza, Frankreich entnommen. Bakterielle Lebensgemeinschaften wurden durch Isolierung von Bakterienstämmen und mittels Analyse von Nucleinsäureextrakten aus Umweltproben durch molekulare Fingerprinttechniken charakterisiert. 16S rDNA-Sequenzen bakterieller Isolate und ausgeschnittener Gelbanden wurden mit Analysen aus einer 16S rDNA - Klonbank verglichen. Kultivierungsabhängige und kultivierungsunabhängige Analysen führten zu unterschiedlichen Resultaten: i) Nur 10E3 bis 10E6 koloniebildende Einheiten (CFUs) / L Meerwasser konnten bei einer Gesamtzellzahl von 10E8 bis 10E9 Zellen / L kultiviert werden. ii) Kultivierbare Bakterien unterschieden sich taxonomisch grundsätzlich von abundanten Taxa in kultivierungsunabhängigen Analysen. iii) Mittels molekularer Fingerprints wurde gezeigt, dass partikelgebundene und freilebende mikrobielle Biozönosen von unterschiedlichen mikrobiellen Taxa gebildet wurden. iv) Freilebende bakterielle Lebensgemeinschaften ähnelten sich an beiden untersuchten Stationen und in allen untersuchten Tiefen. v) Partikelgebundene Lebensgemeinschaften bestanden aus einem konstanten Teil, gebildet aus Plastiden einzelliger eukaryotischer Algen, und einem variablen Teil, gebildet aus heterotrophen Bakterien, vornehmlich Proteo- und Flavobakterien. Entwickelt wurden im Rahmen dieser Doktorarbeit ein Datenbankformat für die Katalogisierung von niedermolekularen RNA-Profilen und eine RNA-DNA - Extraktionsmethode, die es erlaubt, RNA und DNA zu fraktionieren und getrennt aus demselben Probenmaterial zu extrahieren.