Chemotaxonomie ausgewählter Gram-positiver Bakterien anhand ihrer polaren Lipide, Sequenzierung ihrer 16S rDNAs und Vergleich beider Methoden

Es wurde die Leistungsfähigkeit von drei verschiedenen Methoden zur hochauflösenden automatisierten Identifizierung ausgewählter coryneformer Bakterien überprüft. Dazu wurden Datenbanken aus den separat analysierten Fettsäuren der Phospho- und Glykolipide und den massenspektroskopisch bestimmten polaren Lipidprofilen generiert und mit geeigneten multivariaten statistischen Verfahren ausgewertet. Weiterhin wurden die bestehenden Datenbanken der 16S rRNA/DNA-Sequenzen erweitert und ihr Potential hinsichtlich der Entwicklung gattungsspezifischer phylogenetischer Oligonukleotid-Sonden abgeschätzt. Für den Aufbau der Datenbanken wurden 130 Referenzstämme aus den Gattungen Aeromicrobium, Agromyces, Arthrobacter, Microbacterium, Cellulomonas, Curtobacterium, Nocardioides und Terrabacter polyphasisch untersucht. Es zeigte sich, daß die ausgewählten coryneformen Bakterien anhand ihrer 16S rDNA-Sequenzen differenziert und identifiziert werden konnten, wobei die erzielten Einteilungen im wesentlichen von den chemotaxonomischen Methoden unterstützt wurden. Die Analyse der Fettsäuremethylester(FAME)-Profile demonstrierte, daß die Kombination der getrennt analysierten Fettsäuren der Phospho- und Glykolipidfraktionen mit keiner höheren Auflösung verbunden war, als sie die Analyse der gesamtzellulären Fettsäuren bietet. Der Vergleich der intakten polaren Lipidprofile lieferte wichtige Hinweise auf mögliche Biomarker. Dies führte zur Identifizierung und Strukturaufklärung einer Reihe bisher nicht beschriebener Verbindungen. Eine zuverlässige Differenzierung und Identifizierung konnte jedoch in der Regel aufgrund der massenspektroskopischen Analyse der Lipidprofile nicht erfolgen. Nur einzelne Gattungen wie z.B. Cellulomonas waren durch eine einheitliche Lipidzusammensetzung gekennzeichnet.